Layanan buku rujukan terdiri dari 2 (dua) bagian yaitu sistem terbuka dan tertutup. Koleksi terbuka berupa koleksi terkait ilmu perpustakaan. Sedangkan koleksi tertutup berupa koleksi referensi yang tidak secara langsung bisa diakses oleh pemustaka. Pada sistem tertutup, pemustaka baru bisa menikmati koleksi setelah melalui petugas karena koleksi berada di dalam ruangan. Koleksi tertutup seperti kamus, ensiklopedi, hand book, himpunan perundang-undangan (> tahun 1990), skripsi (± 1%), tesis dan disertasi. Tesis dan disertasi mayoritas merupakan sumbangan dari mahasiswa yang melakukan penelitian di Kabupaten Gianyar.
Koleksi yang tersedia pada Layanan Referensi antara lain:
1. Koleksi skripsi, tesis, dan disertasi;
2. Koleksi laporan penelitian;
3. Koleksi statistik;
4. Koleksi buku direktori;
5. Kamus;
6. Tesaurus;
7. Ensiklopedi;
8. Buku panduan (handbook);
Koleksi-koleksi tersebut dapat dibaca di ruang baca yang tersedia pada lantai 3. Selain koleksi referensi, Perpustakaan Daerah Nawaksara Kabupaten Gianyar menyediakan koleksi ilmu perpustakaan yang dapat diakses langsung oleh pemustaka. Layanan Referensi pun memberikan layanan penelusuran informasi kepada pemustaka. Layanan penelusuran informasi merupakan layanan Perpustakaan yang berhubungan dengan temu kembali jawaban atau literatur yang memiliki subjek tertentu dengan sarana yang tersedia di dalam atau di luar Perpustakaan Daerah Nawaksara Kabupaten Gianyar.